Olá Marcos,
pelo q estou entendendo vc está querendo fazer um controle como aquele de TV, certo?
Se for esse o caso a modulação pode ser feita utilizando o RC5 (que é um padrão, mas existem outros).
No caso dos micros da Freescale é recomendado que para projetos novos vc utilize os uC da linha HCS08 ao invés do HC08. De fato se vc verificar no site, o QY não é recomendado para novos projetos. Uma opção a este podem ser os uC da linha QD ou QA que possuem mais recursos de periféricos (especialmente no que diz respeito ao módulo gerador de clock) e custam mais barato que o QY.
Dá uma olhada:
www.freescale.com/webapp/sps/site/prod_s...amp;tab=In-Depth_Tab
www.freescale.com/webapp/sps/site/prod_s...odeId=01624684491437
Outra opção poderia ser a família QG.
Se quiser existe a família S08R o qual tem um módulo interno para modulação dos dados justamente para aplicações com infrared.
Qualquer coisa estamos aí.
Inté!